Założycielka i kierownik Katedry Krytyki Współczesnej Wydziału Polonistyki UJ (1999-2009); redaktorka naczelna dwumiesięcznika „Dekada Literacka”. Zajmuje się przede wszystkim literaturą przełomu modernistycznego, Młodej Polski, Dwudziestolecia międzywojennego oraz współczesną prozą i eseistyką. Laureatka m.in. Nagrody Krakowskiej Książki Miesiąca (2007) oraz Nagrody Miasta Krakowa w dziedzinie nauki i techniki (2008). Członek jury Nagrody literackiej Nike (2007-2009) oraz Nagroda im. Andrzeja Kijowskiego.
Najważniejsze publikacje
Książki
Gałczyński a wzory literackie (1970)
Brzozowski i jego powieści (1981)
Leopold Staff (1985)
Głosy różnych pokoleń – szkice literackie (1989)
Szkice z epoki powinności (1996)
Światopoglądy młodopolskie (1996)
Krakowskie dziecko (1998)
Punkty widzenia – szkice (2000)
Niecierpliwość krytyki. Studia i szkice z lat 1961-2005 (2007)
Przypisy do życia (2007)
Czytanie Brzozowskiego (2012)
Redakcja
Polski esej: studia, red. M. Wyka (1991)
Literatura – język – kultura, red. Cz. Kłak, M. Wyka (1995)
Prace edytorskie
Stanisław Brzozowski, Sam wśród ludzi, oprac. M. Wyka (1979)
Krzysztof Kamil Baczyński, Rzeczy niepokój, wybrała i wstępem opatrzyła M. Wyka (1993)
Ewa Lipska, Przechowalnia ciemności i inne wiersze, wstęp M. Wyka (1994)
Stanisław Brzozowski, Komentarze poetyckie, wybór i wstęp M. Wyka, oprac. tekstu M. Urbanowski (2001)
Konstanty Ildefons Gałczyński, Wybór poezji, oprac. M. Wyka (2003)
Stanisław Brzozowski, Pamiętnik, wstęp M. Wyka, oprac. tekstu i komentarze M. Urbanowski (2007)
Stanisław Brzozowski, Pod ciężarem Boga; Wiry; Płomienie, posł. M. Wyka (2012)